1. 자치단체장선거연기 사건
〈헌재 1994. 8. 31. 92헌마126 지방자치단체의 장 선거일 불공고 위헌확 인, 판례집 6-2, 176〉

이 사건은 우리나라 역사상 최초의 지방자치단체의 장 선거 실시여부와 관련한 대통령의 조치 등이 헌법에 위반되는가 여부가 문제된 사건인데 사건 심리중 법률개정으로 그 선거가 연기됨으로써 권리보호이익이 없다고 하여 각하된 사건이다.
지방자치단체장 선거와 관련하여, 국회는 헌법 제118조 제2항에 따라 지방자치법을 개정하여(1989. 12. 30. 법률제4162호) 그 선거시기를 1991년 12월 30일로 입법하였다가 이를 재차 개정하여(1990. 12. 30. 법률제4310호) 1992년 12월 30일 이내에 실시하도록 연기하는 입법을 하였다.
그런데 일부 경제단체와 언론기관을 포함한 사회일각에서 국민경제와 사회전반의 불안정 및 혼란초래 등을 이유로 단체장선거를 연기하는 것이 바람직하다는 주장이 제기되던 중(중앙일보 1991. 10. 28., 10. 31. 각 사설；경향신문 1991. 11. 1. 사설), 피청구인인 노태우 대통령은 1992년 1월 10일 연두기자회견에서 사회경제적 이유 등을 내세워 지방단체장 선거를 1995년 이후로 연기하고 그 타당성 여부를 제14대 국회에서 논의하도록 하겠다고 발표하였다.
그후 1992년 3월 24일 제14대 국회의원 총선거가 실시되었으나 지방자치단체장 선거실시여부등 협상이 지연되어 제14대 국회가 개원조차 하지 못한 상태에서 정부는 동년 6월 단체장선거를 1995년 6월 30일까지 연기하는 내용의 지방자치법중개정법률안을 국회에 송부하고 단체장 선거일 공고 마지막 날인 1992년 6월 12일을 도과시켰다.
이에 장차 시행될 지방자치단체의 장 선거시에 기초 · 광역단체장으로 입후보하려고 준비중이거나 그 선거권을 행사하려는 청구인 59명은 피청구인이 구 지방자치법(1994. 3. 16. 법률 제4741호로 개정되기 전이 것) 부칙 제2조 제2항, 구 지방자치단체의장선거법(1994. 3. 16. 법률 제4739호에 의하여 폐지된 것) 제95조 제3항 및 부칙 제6조의 규정에 의하여 1992년 6월 12일까지 단체장 선거일을 공고하지 아니한 것은 청구인들의 선거권과 공무담임권(피선거권)을 침해한 것이라며 헌법소원심판을 청구하였다.
당시 이 사건 이외에도 통일국민당등 정치단체나 개인등 수명의 청구인들이 피청구인의 위와 같은 선거일 불공고 내지 선거연기 및 선거불실시에 대하여 헌법소원심판을 청구하였다(92헌마122, 92헌마152, 92헌마174, 92헌마178, 92헌마184).

헌법재판소는 대통령의 지방자치단체장 선거연기와 관련된 헌법소원의 심판계속중에 법령제도의 변동이 있어 권리보호의 이익이 소멸되었다는 이유로 각하결정을 하였다.
국회는 이 사건 심판 계속중 정치관계법심의특별위원회를 구성하여 이 사건 부작위와 관련되는 문제를 정치적으로 해결하기 위한 노력을 계속하던 중 1994년 3월 4일 본회의에서 공직선거및선거부정방지법, 지방자치법중개정법률 및 정치자금에관한법률중개정법률을 여야 합의로 통과시켰고 피청구인은 동월 16일 위 법률들을 공포하여 동일부터 시행되었다. 위 지방자치법에 의하여 단체장선거를 1995년 6월 30일 이내에 실시하기로 연기되었고(부칙 제2조), 공직선거및선거부정방지법에 의하여 선거일 공고제도가 없어지고 선거일이 법정화되었다(제34조 내지 제36조, 부칙 제2조, 제7조 제1항). 그 결과 피청구인이 구 법률에 따라 단체장 선거일을 공고하지 아니하여 생겼던 위법상태는 모두 해소되었다.
그런데 심판 계속중에 생긴 사정변경 즉 사실관계 또는 법령제도의 변동으로 말미암아 권리보호의 이익이 소멸 또는 제거되었다고 하더라도 기본권 침해행위가 반복될 위험이 있거나 그러한 분쟁의 해결이 헌법질서의 수호 · 유지를 위하여 긴요한 사항이어서 헌법적으로 그 해명이 중대한 의미를 지니고 있는 경우에는 예외적으로 심판청구의 이익이 있다고 할 수 있다. 권리보호이익의 예외사유인 동종행위의 반복가능성은 추상적이고 이론적인 가능성이 아니라 구체적이고 실제적인 가능성이고(헌재 1991. 7. 8. 89헌마181; 1993. 3. 11. 92헌마98; 1994. 7. 29. 91헌마137), 헌법적 해명의 중대성은 그 해명이 계속 헌법적으로 중대한 의미를 가질 경우에만 해당되는 바, 이 사건의 경우 공직선거및선거부정방지법에 의하여 선거일 공고제도가 없어지고 선거일이 법정화되었으므로 선거일 불공고행위 자체의 반복가능성과 헌법적 해명의 중대성은 없다 할 것이고 따라서 헌법소원심판청구는 권리보호의 이익이 없어 부적법하다.
이에 대하여 조규광, 김진우, 최광률, 이재화 재판관의 다음과 같은 요지의 보충의견이 있었다. 헌법 제118조 제2항은 단체장의 선임방법에 관한 사항은 법률로 정한다고만 규정하고 있으므로 단체장에 대한 주민직접선거제가 헌법적 의지라고는 볼 수 없고 단체장 선거권 및 피선거권은 법률에 의하여 구체적으로 보장되는 법률상의 권리에 불과하며(조규광, 김진우 재판관), 피청구인의 단체장 선거일 공고의무도 역시 구 지방자치법 및 구 지방자치단체의장선거법에만 규정되어 있어서 헌법상 의무가 아니므로 법률이 허용하는 선거일 이전에는 청구인들과 같은 입후보 예정자 또는 단순 유권자에게 선거일 공고에 대한 청구권이 없어서 청구인들은 부작위위헌확인소원의 요건을 갖추지 못하였다(최광률, 이재화 재판관).
한편 위 결정에 대하여 변정수, 김양균 재판관의 다음과 같은 요지의 반대의견이 있었다. 지방자치단체의 대표인 단체장이 주민의 자발적 지지에 기초를 둔 선거에 의해 선출되어야 한다는 것은 헌법 제24조, 제25조 및 제118조 제2항의 규정이나 지방자치제도의 본질로부터 당연히 도출되는 헌법상의 기본권이고, 피청구인의 이 사건 법률집행 의무는 헌법 제66조 제4항과 제69조, 헌법 제118조 제2항에 의한 헌법상의 의무이며 단체장 선거권 및 피선거권은 국민의 주관적 공권이므로 헌법과 법률이 정하는 바에 따라 단체장선거를 실시하도록 요구할 수 있는 청구권은 청구인들에게 존재한다. 또한 권리보호이익의 예외사유인 동종행위의 반복가능성은 대통령의 법질서유린행위 내지 법률준수의무위반의 가능성을 의미하는 것이며 헌법적 해명의 중대성은 기본권의 중요성 내지 기본권침해 가능성이 제기되면 바로 인정되므로 이 사건 헌법소원심판청구는 적법요건을 갖추었다.

이 사건 결정에 대하여 일부 언론에서는 이 결정이 접수 후 2년 2개월만에 선고하면서 본안판단에 나아가지 않고 각하결정하였다고 하여 심리지연과 결정내용에 대하여 비판적인 견해를 피력하였다(동아일보 1994. 9. 1. 사설；한국일보 동일자 사설).
그러나 이 사건의 접수 후 헌법재판소로서는 여러 가지 헌법적 쟁점에 대하여 심리를 심도있게 진행하면서도 한편으로는 정치형성적인 국회의 기능과 권한을 존중하여 국회에서의 바람직하고 적절한 해결을 기대하였고 국회도 이에 부응하여 위에서 본 바와 같이 정치관계법심의특별위원회를 구성하여 그 실시시기에 관하여 여러 차례 조정하고 협상하여 법률을 개정하고 지방자치단체의 장 선거를 1995년 6월 27일에 실시하기로 한 것이므로 이 결정은 상당한 의의가 있는 것이었다.
이와 같은 과정을 통하여 우리 역사상 최초의 지방자치단체의 장 선거는 1995년 6월 27일 실시되어 15개 광역단체장과 전국 230개 기초단체장이 당해 지방자치단체 주민의 직접선거에 의하여 선출되었다.

2. 12 · 12 불기소 사건
〈헌재 1995. 1. 20. 94헌마246 불기소처분취소, 판례집 7-1, 15〉

이 사건은 1979년 10월 26일 당시 중앙정보부장이었던 김재규에 의한 박정희 대통령의 피살로 야기된 통치권의 공백상태에서 전두환, 노태우 등을 중심으로 한 신군부 세력이 계엄사령관 정승화 등 군 수뇌부를 체포하고 군의 주도권을 탈취함으로써 실질적 권력장악의 계기가 된 12 · 12사건에 대한 고소사건에 관하여 검찰이 불기소처분을 내리자 그에 대하여 제기된 헌법소원에 대하여 각하 또는 기각결정한 사건이다.
12 · 12사건 후 전두환은 1980년 9월 1일부터 1988년 2월 24일까지 7년 5개월 24일간 제5공화국 대통령을 지냈고, 노태우는 그 이튿날부터 1993년 2월 24일까지 5년간 제6공화국 대통령으로 재직하였다. 1993년 2월 집권한 김영삼 정부는 12 · 12사건을 신군부가 정상적인 군지휘계통을 무시하고 군사력을 동원하여 군권을 장악한 ‘쿠테타적 사건’으로 규정하면서도 과거사는 역사의 평가에 맡겨야 한다고 하였다. 그러나 위 사건의 피해자인 청구인 정승화 등 32인은 위 사건의 주역들이 권좌의 핵심에서 물러나자 그 신원(伸寃)을 위하여 전두환, 노태우 등 12 · 12사건 관련자 34인을 내란 및 반란죄 등으로 1993년 7월 29일 고소를 제기하였다.
서울지방검찰청 검사는 1994년 10월 29일 위 고소사건을 포함한 8건의 고소 · 고발사건에 관하여 모두 불기소처분을 하였다. 내란죄에 대하여는 12 · 12사건으로 신군부는 군 주도권을 장악하였을 뿐 대통령과 국무총리 등 헌법기관이 그대로 유지되었고 국헌문란의 목적이 없었다는 이유로 혐의없음처분을, 반란죄에 대하여는 혐의사실은 인정되나 여러 정상을 참작하여 기소유예처분을 한 것이다.
청구인들은 검찰의 처분에 불복하여 항고 및 재항고를 하였으나 모두 기각되자 1994년 11월 24일 불기소처분에 대한 헌법소원심판을 청구하였다.

헌법재판소는 대통령의 재직기간 동안 범죄에 대한 공소시효가 정지되는지 여부를 판단한 다음 내란죄에 관한 부분은 공소시효가 완성되었다는 이유로 각하하고 나머지 범죄에 관한 부분은 적법성은 인정되나 검찰의 불기소처분이 자의적이 아니라는 이유로 기각하였다.
헌법 제84조는 “대통령은 내란 또는 외환의 죄를 범한 경우를 제외하고는 재직중 형사상의 소추를 받지 아니한다.”고 규정하고 있는바, 내란죄의 경우에는 재직중 소추가 가능하므로 재직기간중 공소시효가 정지되지 아니하나, 내란죄 또는 외환죄가 아닌 군사반란죄에 있어서는 그를 이유로 한 소추가 헌법상 허용되지 아니하므로 그 공소시효는 재직 기간중 정지된다. 이는 헌법규정이 대통령의 헌법상 특수한 직책의 원활한 수행을 도모하기 위하여 재직중 형사상의 소추를 받지 아니하는 것에 그칠 뿐 대통령의 범죄행위에 대하여 어떠한 신분상의 특권을 부여하는 것은 아니기 때문이다. 만일 대통령의 범죄행위에 대한 공소시효의 진행이 대통령의 재직중에도 정지되지 않는다고 본다면, 대통령은 재직 전이나 재직중에 범한 대부분의 죄에 관하여 공소시효가 완성되는 특별한 혜택을 받게 되는 결과 일반국민이 누릴 수 없는 특권을 부여받는 셈이 되어 정의와 형평에 반하는 결과가 된다.
결국 내란죄의 피의사실은 그에 대한 공소시효가 1994년 12월 11일 만료되었음으로 그 부분 불기소처분에 대한 헌법소원은 권리보호의 이익이 없어 부적법하다. 한편 군형법상의 반란죄 등에 관한 공소시효는 위에서 본 바와 같이 피의자 전두환이 대통령으로 재직한 기간인 7년 5개월 24일간 공소시효의 진행이 정지되어 공소시효가 만료되지 아니하였으므로 그 부분 불기소처분에 대한 헌법소원은 적법하다.
군사반란혐의에 대한 검찰의 기소유예처분과 관련하여 보면 피의자들의 행위가 군권(軍權)의 장악을 목적으로 불법한 병력동원과 무력행사를 통하여 인명을 살상하고 저지른 하극상의 군사반란으로서 국민들로 하여금 좌절감과 굴욕감을 느끼게 하였고 우리 헌정사에는 왜곡과 퇴행의 오점을 남기게 한 범죄행위이며, 피의자들이 범행의 직접적인 피해자인 청구인들에 대하여는 물론이고 궁극적인 피해자인 국민들에 대하여 잘못을 시인하고 용서를 구한 바 없었다는 사실 등은 기소를 뒷받침하는 이유가 된다. 그러나 이 사건 피의자들 중 두 사람은 대통령으로서, 나머지 피의자들은 그 보조자로서 혹은 국회의원 등으로서 십수년간을 국정운영의 중추적 역할을 담당하면서 이 나라를 이끌어 왔고 그 기간 동안 형성된 질서는 이미 우리 역사의 일부로서 자리잡아 크든 작든 그리고 싫든 좋든 오늘날의 정치 · 경제 · 사회의 전반에 걸친 기성질서의 근간을 이루고 있음을 부인할 수 없으며, 범행의 핵심적 주역 중의 한 사람인 전두환은 대통령으로서 임기를 마치고 퇴임하였고 노태우는 국민들의 손에 의하여 직접 대통령으로 선출되었을 뿐만 아니라 범행의 처리와 관련되어 국회의 소위 ‘5공비리청문회’를 통하여 한차례의 여과과정을 거쳤다는 사실 등은 기소유예를 정당화하는 사실이다.
위와 같이 두가지 대립하는 사실들을 형량할 때 양자간의 가치의 우열이 객관적으로 명백하다고 보기 어렵기 때문에 검사의 불기소처분이 자의적이라고 볼 수 없다.
그러나 이에 대하여 황도연, 김문희 재판관은 헌법 제84조는 공소시효의 정지에 관한 명문규정이라고 볼 수 없고 따라서 대통령 재직중 그의 범행에 대한 공소시효는 정지되지 아니한다고 보아야 할 것이라는 취지의 반대의견을 개진하였고, 조승형, 고중석 재판관은 검찰의 기소유예처분은 검사의 합리적인 재량의 한계를 일탈한 부당한 처분이므로 취소되어야 한다는 취지의 반대의견을 개진하였다.

이 사건은 이른바 12 · 12사건 이후 신군부 세력이 정권을 장악하여 이 나라를 통치한 후 권좌에서 물러나고 사건이 발생한지 14년여의 세월이 경과한 시점에서 헌법재판소의 판단을 구한 사건이었다. 이 사건을 계기로 피해자들의 고소와 그에 대한 검찰의 불기소처분에 대한 헌법소원에 의하여 위 역사적 사건에 대한 법적 평가가 내려졌다는 점에서 불기소처분에 대한 헌법소원제도가 권력과정에 대한 헌법적 판단에서도 중요한 의미를 가질 수 있다는 점을 인식하게 한 사건이었다.
헌법재판소의 위 결정은 각계 각층의 이해관계에 따라 상반된 평가를 받았다. 그러나 위 결정에서 대통령이 범한 죄 가운데 내란죄와 외환의 죄를 제외한 여타의 범죄에 대한 공소시효가 정지된다는 판시내용은 법치국가적인 관점에서 매우 중대한 의미를 가진다.
이 결정은 전두환, 노태우 두 전직대통령의 반란죄 등의 공소시효가 2002년 경에야 완성된다는 취지를 내포하는 것이어서 12 · 12사건에 대한 법적 공방의 불씨를 계속 남겨두는 역할을 하였을 뿐만 아니라, 5 · 18사건과 관련된 검찰의 불기소처분에 대한 헌법재판소의 결정과 소위 5 · 18 특별법을 제정하는 계기를 마련하였고 동법의 위헌여부에 관한 헌법재판소의 판단에 영향을 미치는 등 다방면으로 정치적 · 법적 영향을 미쳤다.