가. 사건의 배경
청구인 산업합자회사는 산업폐기물을 재생처리하여 벽돌과 블록 등의 건축자재를 제조·판매하는 회사이다. 청구인의 감독기관인 부여군수(피청구인)를 비롯한 상급기관(충청남도지사, 환경부장관, 감사원 등)은 청구인에 대하여 물적시설의 설치·운영상태의 점검, 각종 장부조사 및 시료채취 등 공장의 전반적인 환경조사 등의 감사를 약 2년 10개월 동안 55회 단행하였으나 특별한 위법행위를 발견하지 못하였다. 그런데 피청구인은 청구인에 대한 민원이 제기되자 또 다시 종전에 행한 감사와 유사한 새로운 감사를 하였다. 이에 청구인은 피청구인이 이 사건 감사행위를 행하는 것은 청구인의 영업의 자유를 침해하여 헌법에 위반된다고 주장하면서 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 결정의 주요내용
헌법재판소는 재판관 9인중 5인의 다수의견으로 이 사건 감사행위는 헌법에 위반되지 않는다며 심판청구를 기각하는 결정을 선고하였는바, 그 이유의 요지는 다음과 같다.

(1) 다수의견의 요지
(가) 폐기물관리법은 감사의 주체를 환경부장관, 시·도지사, 시장·군수·구청장으로 규정하고 있을 뿐, 감사의 횟수나 시기·방법 등 감사의 구체적인 내용에 대하여는 별다른 제한을 두고 있지 않다. 그 결과 횟수, 시기, 방법의 측면에서 지나친 감사가 행하여져 국민의 영업의 자유를 침해할 소지가 있다. 그러나 위 법률조항의 입법목적은 폐기물의 적정한 처리를 유도·감독함으로써 환경보전과 쾌적한 생활환경 조성이라는 공익을 달성하기 위한 것으로 그 입법목적이 정당하고, 환경오염피해의 중대성과 사전예방의 중요성 등에 비추어 볼 때, 감사의 실효성을 확보하기 위해서는 수시로 감사해야 할 필요성 및 감사주체를 다원화해야 할 필요성을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 감사행위의 법적 근거인 폐기물관리법 자체는 그 입법목적과 수단사이에 적정한 비례관계가 유지되어 있고 헌법이 보장하는 영업의 자유의 본질적 내용을 침해하는 것이라 볼 수 없다.
(나) 비록 합헌적이고 정당한 법령에 기한 공권력의 행사라고 할 지라도 그것이 본래의 입법목적을 벗어나 합리적인 이유없이 자의적으로 행사된다고 한다면 그러한 공권력 행사는 재량권을 일탈·남용한 것으로 위법할 뿐 아니라 위헌적인 공권력 행사라고 할 것이다.
1) 피청구인 등의 감사기관에서 감사를 하게 된 주된 원인이 주민들의 민원 내지 진정에 기인한 경우가 대부분이었다. 그런데 환경오염 발생원인의 다양성, 피해의 중대성, 피해복구의 곤란성 등에 비추어 볼 때, 환경오염발생의 방지는 이윤추구를 목표로 하는 개인이나 민영기업의 자발적인 법령준수만을 기대하는 것으로는 미흡하고, 감독기관의 정기적인 감사만으로도 그 실효를 거두기 어렵다. 오염피해진정 등 민원이 있는 경우나 환경오염의 우려가 있는 경우에는 언제든지 수시로 감사하여야만 폐기물로 인한 환경오염을 사전에 예방하거나 오염피해의 확산을 방지할 수 있다할 것이다. 더욱이 유해환경산업에 대한 감시·감독은 감독기관 혼자만에 의해서는 불가능하고, 주민들의 감시를 비롯한 다각적인 방법에 의할 때, 비로소 그 소기의 목적을 달성할 수 있다. 따라서 주민들의 민원은 폐기물관련업소에 대한 감시체계의 중요한 일원이고 피청구인 등 국가기관으로서도 주민들의 민원이 있는 경우에는 이를 처리하고 통보해야될 법적 의무가 있다. 이 사건 기록을 종합하면 피청구인 등의 감사는 어디까지나 법령이 규정하는 바에 따라 청구인이 관계법령을 준수하는지 여부를 조사한 것임을 인정할 수 있고 달리 피청구인 등이 본래 목적을 벗어나 간편하게 민원을 해결하기 위한 방편으로 재량을 일탈·남용하였다는 증거나 자료를 발견할 수 없다.
2) .이 사건 감사는 청구인의 영업활동에 직접 제한을 가함으로써 영업활동 전반에 지장을 초래하였다. 하지만 그 제한이 청구인이 수인할 수 없는 정도에 이르렀다거나 영업활동을 중단할 정도에 이르렀다고 인정되지 않는다. 오히려 청구인은 환경보전이라는 중대한 공익을 위해 피청구인의 감사에 응해야할 법률상 의무가 있고 그러한 의무이행으로 인한 어느 정도의 피해는 청구인이 수인해야 할 불가피한 부담이다.
그렇다면 피청구인의 이 사건 감사행위는 환경보전이라는 정당한 공익을 달성하기 위한 적절한 수단이며 달리 피청구인 등이 재량권을 일탈·남용한 행위라고 할 수 없으므로 이 사건 감사는 헌법에 위반되지 않는다.
(2) 반대의견의 요지
국가의 공권력 행사는 그것이 비록 법령에 따른 것이라 할지라도 입법취지에 부합하게 공정하게 행사되어야 하고, 기본권 주체에게 가장 침해가 덜 가는 방법을 선택하여야 한다는 것이 우리 헌법의 명령이다. 폐기물관리법에 따른 감사권 행사도 이와 같은 헌법의 명령을 준수하여야 함은 물론이다. 그런데 피청구인 등 국가기관은 이전의 감사에서 아무런 문제점을 발견하지 않았음에도 주민들의 민원 내지 진정이 있기만 하면 민원내용의 신빙성이나 직전의 감사시기에 상관없이 관성적으로 감사에 착수한 것이다. 이는 기본권을 보호해야할 의무가 있는 국가가 오히려 법령을 빙자하여 청구인이 입게될 피해와 고통을 고려하지 않고 오로지 민원해결의 방편으로 법령에 의하여 부여된 감사권한을 자의적으로 행사한 것으로 위헌적인 공권력의 행사라 아니할 수 없다. 또한 국가의 공권력이 민원에 휘둘린다면, 법령의 공정한 집행을 기대할 수 없을 뿐만 아니라 궁극적으로 중요한 국책산업이나 공익산업을 통한 공익실현도 불가능하다고 할 것이다.
이처럼 감사주체만 바뀌는 동종·유사의 무분별한 반복감사는 감사의 목절달성여부에 상관없이 청구인들의 희생만을 강요하는 것으로 헌법적 한계를 넘는 공권력 행사일 뿐만 아니라 전시행정의 대표적인 예라 할 것이다. 살피건대, 국가는 종합감사시스템을 정비하는 등의 방법으로 과다감사 내지 중복감사가 되지 않도록 하여 감사권 행사의 통일성과 효율성을 제고하면서도 기본권 침해를 최소화할 수 있는 방안을 마련하여야 할 것이다.