【사건의 배경】
새천년민주당의 대통령후보 노무현은 선거공약으로 ‘수도권 집중 억제와 낙후된 지역경제를 해결하기 위해 청와대와 정부부처를 충청권으로 옮기겠다.’라는 행정수도 이전계획을 발표하였고, 2002. 12. 19. 실시된 제16대 대통령선거에서 대통령으로 당선되었다.
그 후 정부가 제안한 행정수도를 충청권 지역으로 이전하는 것을 내용으로 하는 신행정수도의건설을위한특별조치법안이 국회에서 통과되어, 2004. 1. 16. 신행정수도의건설을위한특별조치법이 공포되었다.
청구인들은 전국 각지에 거주하는 국민들로서, 위 법률이 헌법개정 등의 절차를 거치지 않은 수도이전을 추진하는 것이므로 법률 전부가 헌법에 위반되며, 청구인들의 국민투표권, 납세자의 권리 등을 침해한다고 주장하면서, 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.

【결정의 주요내용】
헌법재판소는 재판관 8 : 1의 의견으로 위헌결정(재판관 1인의 별개의견 있음)을 선고하였는바, 그 이유의 요지는 다음과 같다.

1. 재판관 7인의 다수의견
이 사건 법률은 국가의 정치·행정의 중추적 기능을 수행하는 국가기관의 소재지로서 헌법상의 수도개념에 포함되는 국가의 수도를 이전하는 내용을 가지는 것이며, 이 사건 법률에 의한 신행정수도의 이전은 곧 우리나라의 수도의 이전을 의미한다.
수도를 설정하거나 이전하는 것은 국회와 대통령 등 최고 헌법기관들의 위치를 설정하여 국가조직의 근간을 장소적으로 배치하는 것으로서, 국가생활에 관한 국민의 근본적 결단임과 동시에 국가를 구성하는 기반이 되는 핵심적 헌법사항에 속한다.
우리 헌법전상으로는 ‘수도가 서울’이라는 명문의 조항이 존재하지 아니하나, 서울이 우리나라의 수도인 것은 조선시대 이래 600여 년 간 우리나라의 국가생활에 관하여 계속되어온 관행으로서 이러한 관행은 오랜 기간 깨지지 않고 지속되어 국민적 합의를 얻은 국가생활의 기본사항이라고 할 것이다. 따라서 서울이 수도라는 점은 우리의 제정헌법이 있기 전부터 전통적으로 존재하여온 헌법적 관습이며 우리 헌법조항에서 명문으로 밝힌 것은 아니지만 자명하고 헌법에 전제된 규범으로서, 관습헌법으로 성립된 불문헌법에 해당한다.
관습헌법도 헌법의 일부로서 성문헌법의 경우와 동일한 효력을 가지기 때문에 그 법규범은 최소한 헌법 제130조에 의거한 헌법개정의 방법에 의하여만 개정될 수 있다. 서울이 우리나라의 수도인 점은 불문의 관습헌법이므로 헌법개정절차에 의하여 새로운 수도 설정의 헌법조항을 신설함으로써 실효되지 아니하는 한 헌법으로서의 효력을 가진다. 한편, 이러한 형식적인 헌법개정 외에도, 관습헌법은 그것을 지탱하고 있는 국민적 합의성을 상실함에 의하여 법적 효력을 상실할 수 있으나 이 사건의 경우에 이러한 사정은 확인되지 않는다.
헌법 제130조에 의하면 헌법의 개정은 반드시 국민투표를 거쳐야만 하므로 국민은 헌법개정에 관하여 찬반투표를 통하여 그 의견을 표명할 권리를 가진다. 그런데 이 사건 법률은 헌법개정사항인 수도의 이전을 헌법개정의 절차를 밟지 아니하고 단지 단순법률의 형태로 실현시킨 것으로서 결국 헌법 제130조에 따라 헌법개정에 있어서 국민이 가지는 참정권적 기본권인 국민투표권의 행사를 배제한 것이므로 동 권리를 침해하여 헌법에 위반된다.

2. 재판관 1인의 별개의견
헌법 제72조는 “대통령은 필요하다고 인정할 때에는 외교·국방·통일 기타 국가안위에 관한 중요정책을 국민투표에 붙일 수 있다.”라고 규정하고 있다.
수도이전에 관한 의사결정은 헌법 제72조가 정한 ‘국방·통일 기타 국가안위에 관한 중요정책’에 해당하여 국민투표의 대상이 된다.
대통령의 국민투표부의행위는 자유재량행위이지만, 수도이전에 관한 의사결정을 국민투표에 붙이지 아니하는 것은 재량권을 일탈·남용한 것으로서 재량권이 부여된 근거되는 법규범인 헌법 제72조에 위반된다.
대통령이 재량권을 적법하게 행사한다면 수도이전에 관한 의사결정을 국민투표에 붙이는 선택 외에는 다른 선택을 할 수 없고, 따라서 대통령은 이를 국민투표에 붙일 의무가 있으며, 이에 따라 국민은 이를 국민투표에 붙이도록 요구할 권리가 있고 대통령이 현실적으로 부의하기 전이라도 이에 관한 구체적 국민투표권을 가진다.
이 사건 법률은 수도이전에 관한 국가의사를 결정함에 있어 국민투표를 확정적으로 배제하는 내용으로서, 국민의 한사람들인 청구인들은 이 사건 법률의 제정·시행으로 헌법 제72조의 국민투표권을 침해당하였다.

3. 재판관 1인의 반대의견
성문헌법을 지닌 법체제에서, 관습헌법은 성문헌법으로부터 동떨어져 성립하거나 존속할 수 없고 항상 성문헌법의 여러 원리와 조화를 이룸으로써만 성립하고 존속하는 보완적 효력만을 지닌다.
또한 헌법의 개정은 형식적 의미의 헌법, 즉 성문헌법과 관련된 개념이므로, 관습헌법의 변경은 헌법의 개정에 속하지 않으며 헌법이 마련한 대의민주주의 절차인 법률의 제정, 개정을 통하여 다루어질 수 있다.
수도이전과 같은 관습헌법의 변경의 경우에도, 별도로 이를 제한하는 헌법규정이 없으므로, 국회의 입법으로 가능하다.
따라서 이 사건 법률이 헌법 제130조 제2항의 국민투표권을 침해할 가능성은 없다.
한편, 헌법 제72조는 대통령에게 ‘국가안위에 관한 중요정책’의 국민투표를 실시할 것인지 여부에 관하여 재량을 주고 있는데, 사안의 중대성에 따라 그 재량이 달라진다고 해석할 수 없고, 그러한 재량은 헌법이 직접 부여한 것이므로, 행정법상의 재량권의 일탈·남용 법리는 적용될 수 없다.
따라서 이 사건에서 헌법 제72조의 국민투표권이 침해될 가능성은 없다.
결국 청구인들의 국민투표권 침해 주장은 권리의 침해가능성 자체가 인정되지 않으므로 부적법하다.